安徽醫科大學(xué)第二附屬醫院是經(jīng)政府有關(guān)部門(mén)批準，為適應合肥經(jīng)濟技術(shù)開(kāi)發(fā)區醫療服務(wù)需求，在合肥經(jīng)濟技術(shù)開(kāi)發(fā)區征地378.5畝建設的全新的大型綜合性教學(xué)醫院。它要求“高起點(diǎn)規劃、高水平設計、高標準建設，力爭建設成為一個(gè)國內一流的現代化教學(xué)醫院”。該工程位于合肥經(jīng)濟技術(shù)開(kāi)發(fā)區，北臨312國道，西臨翡翠路，南臨芙蓉路，東臨疊障路，緊臨兩條城市主干道，交通十分便利。根據總體規劃布置，安徽醫科大學(xué)第二附屬醫院由北至南劃分為生活區、教學(xué)區、醫療區。
